WordPress: Advanced Custom Filedで追加したカスタムフィールドの値が保存されないときの対処方法
htaccessに下記の項目を追加で解消できました。
php_value max_input_vars 3000
リピーターが使われphpで一度にPOSTできる上限数に達するとうまく保存されないようです。
その上限数を設定できるのが「max_input_vars」です。
なので、htaccessにmax_input_varsの数値を大きく設定することで解決できます。
参考サイト：
Smart Custom Fields で更新ボタンを押すたびにデータが消えてしまうとき