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phpMyAdminのフォルダ内にある[config.inc.php]ファイルを開きます。
ここではphpMyAdminのアプリケーションをサーバーにアップロードする際に利用した、
元のローカルファイルを編集しています。
（またはサーバー上のファイルをFTPでダウンロードして編集も可）

ファイルを開いたら、中ほどの以下の行を検索し、
保存先とアップロード先のディレクトリを指定します。

$cfg['UploadDir'] = '';
$cfg['SaveDir'] = '';

$cfg[‘UploadDir’] には、アップロードに利用するのディレクトリを指定します。
[./upload]などを指定すればよいでしょう。

$cfg[‘SaveDir’] には、今回の出力先に利用するディレクトリを指定します。
[./save]などを指定すればよいでしょう。

$cfg['UploadDir'] = './upload';
$cfg['SaveDir'] = './save';

アップロード先と保存先に指定するディレクトリは、
phpMyAdminのディレクトリから見た、相対ディレクトリで指定します。
また保存先(save)ディレクトリのパーミッション(アクセス権)は、
700以上を設定する必要があります。

こうすることで、phpmyadminでダウンロード先をサーバー上にしてFTPでローカルにダウンロードすることができます。

参考サイト：

http://algorhythnn.jp/blg/2013/09/17/phpmyadmin-export-on-server/