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原因はphp.iniに記載されているmax_input_varsとおもいきや、リピータフィールドが複数あり名前を同じname_repeaterとしてあり重なったことが原因でした。

原因はphp.iniに記載されているmax_input_varsが原因のケースは、
デフォルトだと1000なのですが、それに対してフィールド数が1000を超えているため、保存されないようなので、
php.iniを編集してmax_input_varsを10000にしたところ解消できます。