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<p class="search_btn"><input type="submit" value="絞り込む" ></p>をクリックしたときに、チェックボックスのチェックを全部消します。

jQuery(document).ready(function($){
  $('.clear_btn').click(function(){ //全部消すをクリックしたとき
    var items = $('.search_block').find('input');
    $(items).prop('checked', false); //アイテムを全部checkedはずす
  });

});

html

<form action="/works/" method="get" >
  <?php
    $checked ='';
    if (!empty($_GET['works_cate']) && is_array($_GET['works_cate'])){
      $checked = 'checked';
    }
    if (!empty($_GET['genre']) && is_array($_GET['genre'])){
      $checked = 'checked';
    }
  ?>
  <div class="search_block">
    <div class="search_box">
      <p class="left_box">カテゴリー</p>
      <div class="right_box">
        <ul class="">
          <li>
            <label>
              <input type="checkbox" 
                <?php 
                  if (!empty($_GET['works_cate']) && is_array($_GET['works_cate'])) {
                    if (in_array('2', $_GET['works_cate'])){
                      echo $checked;
                    }
                  }
                ?>
               name="works_cate[]" value="2" >XXXX</label>
          </li>
          <li>
            <label>
              <input type="checkbox"
                <?php 
                  if (!empty($_GET['works_cate']) && is_array($_GET['works_cate'])) {
                    if (in_array('3', $_GET['works_cate'])){
                      echo $checked;
                    }
                  }
                ?>
               name="works_cate[]" value="3">XXXX</label>
          </li>
          <li>
            <label>
              <input type="checkbox"
                <?php 
                  if (!empty($_GET['works_cate']) && is_array($_GET['works_cate'])) {
                    if (in_array('4', $_GET['works_cate'])){
                      echo $checked;
                    }
                  }
                ?>
                 name="works_cate[]" value="4">XXXX</label>
          </li>
          <li>
            <label>
              <input type="checkbox" 
                <?php 
                  if (!empty($_GET['works_cate']) && is_array($_GET['works_cate'])) {
                    if (in_array('5', $_GET['works_cate'])){
                      echo $checked;
                    }
                  }
                ?>
                  name="works_cate[]" value="5">XXXX</label>
          </li>
        </ul>
      </div>
    </div>
  </div>
  <div class="clearfix">
    <p class="clear_btn ">チェックを全て外す</p>
  </div>
  <p class="search_btn"><input type="submit" value="絞り込む" ></p>
</form>